全自動菌落計數器因其計數準確、自動化程度高、可留存樣品信息、使用方便，一般可在數秒內統計出樣品菌落數、性價比高等優點，而受到眾多企業、醫院、科研院所的喜愛，但是由于全自動菌落計數器的科技含量較高，如果選型出現問題，對日后的檢驗、科研工作會帶來很大不便，所以要挑選一臺滿足使用需求的菌落計數器。
一、根據實際使用需求來確定CCD傳感器的檔次
很多用戶偏向于選擇像素高的菌落計數器，卻沒考慮到檢驗和科研的實際應用需求，所以用戶在選購前就要確定好自己要買多少像素的CCD傳感器。
二、看圖像采集通道功能，指標越多越好
所謂"圖像采集通道"，就是菌落計數器對于樣品信息的獲取能力，也就是標志著菌落計數器開始計數統計前的初始信息是否真實可靠。如果圖像采集通道功能過于單一，那當后期計數時時會很容易出現誤判，所以"圖像采集通道"指標越多越好。指標響應時間越小，則標志著該菌落計數器獲取樣品信息的能力越強。
三、看小菌落分辨率為多少
一般入門級菌落計數器小菌落分辨率多半有0.1mm左右的效果，中等機型有0.05mm的水準，若實際比較入門、高階機型的圖檔顯示能力，擁有高分辨率的計數器，在菌落較小時效果會更明顯。
四、看有沒有數據及報表管理功能
在選購菌落計數器時一定要選有具有數據及報表管理功能的設備，于由微生物的不可復檢性，對于以往檢驗數據的管理和回溯極為重要，不然在實際開展工作時繁雜的統計數據和報表管理會耗盡科研人員的精力。
五、不要指標高的，就要效果好的
現在有些菌落計數器在給用戶介紹時，會宣傳他們的產品有多少多少功能，多高多高的指標，實際上等真正買回家，根本用不到這么多功能，*重要的還是要統計菌落的實際效果好不好，不能為了過多的功能而買一個效果不是很好的設備。而統計效果的好壞關鍵在于算法是否合理。
六、看使用是否方便
全自動菌落計數器的一個主要優點在于它降低了人工統計菌落的工作量，減輕了工作人員的工作強度，但由于菌落形態和樣品狀態的不確定性，市面上大多數菌落計數器都較為強調通過人工干預來提高準確度。用戶在選購設備時應注意操作是否簡便、是否符合工作人員的操作習慣和操作思路。一般來說，需要的人工干預越小，使用越簡便。
